Ответ: Ввоз зерна из Казахстана на территорию РФ подлежит налогообложению НДС по ставке 10% и не облагается таможенными пошлинами.
Обоснование: Казахстан является участником Таможенного союза, поэтому ввоз зерна из Казахстана в Россию таможенными пошлинами не облагается (пп. 25 п. 1 ст. 4 Таможенного кодекса Таможенного союза, пп. 1 п. 1 ст. 5 Закона РФ от 21.05.1993 N 5003-1 «О таможенном тарифе»).
На основании п. 1 ст. 4 Соглашения между Правительством РФ и Правительством Республики Казахстан от 09.10.2000 «О принципах взимания косвенных налогов во взаимной торговле» товары (за исключением природного газа и нефти, включая стабильный газовый конденсат), ввозимые на таможенную территорию государства одной стороны, которые вывезены с таможенной территории государства другой стороны, облагаются косвенными налогами в стране назначения в соответствии с ее национальным законодательством.
В связи с этим при ввозе зерна на территорию Российской Федерации российская организация должна уплатить НДС на основании пп. 4 п. 1 ст. 146 Налогового кодекса РФ.
Согласно п. 5 ст. 164 НК РФ при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, применяются налоговые ставки, указанные в п. п. 2 и 3 ст. 164 НК РФ, то есть применяются налоговые ставки, аналогичные ставкам, по которым производится налогообложение товаров, реализуемых на территории Российской Федерации.
Так как пп. 1 п. 2 ст. 164 НК РФ ставка НДС при реализации зерна на территории РФ установлена в размере 10%, то такая же ставка налога применяется при ввозе данного товара на территорию РФ.
При этом в соответствии с п. 11 ст. 2 Протокола от 11.12.2009 «О порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров в Таможенном союзе» суммы НДС, уплаченные по товарам, импортированным на территорию одного государства — члена Таможенного союза с территории другого государства — члена Таможенного союза, подлежат вычетам в порядке, предусмотренном законодательством государства — члена Таможенного союза, на территорию которого импортированы товары.
